AIRSS 全名為 Ab initio Random Structure Searching
檔案下載處 0.9版
※特別注意 AIRSS目前是支援CASTEP 2017版本以上,在驅動CASTEP注意一下!
初始在安裝時,Makefile前,請先export environment1
2
3export PATH=$PATH:/home/username/airss-0.9/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib64/
source ~/mpivars.sh
於airss.pl腳本內,可以自行替換要驅動的CASTEP來源,甚至可以驅動MS的RunCASTEP腳本來做CASTEP計算。
一般基本計算指令與流程
計算結構搜尋
1
2airss.pl -press (看要計算幾Gpa) -max (計算結構數量) -mpinp (核心數) -seed (檔名)
可另,外加上 -keep -step 0 等等指令。分析
結構搜尋完之後用基本的分析指令1
ca -r
由左到右的意思
The above is a “ranking” of the results according to energy (strictly, enthalpy).
The first column is the unique structure name, the second - pressure, the third - volume per formula unit (fu), the fourth - enthalpy/fu for the first, and then relative to that, the fifth - number of fu, the sixth - chemical formula, the seventh - symmetry, and the eighth - number of repeats.
(參考Example 1.1部分有寫)
目前測試過的是,可以自行指定特定的potential(.cell file內指定),在做搜尋的時候可於(.param)調整E-cut增加精確性的結構搜尋。
先前做了C_Si之間的結構搜尋,在分析時有注意到一件事情,AIRSS認定的space group與MS內的symmetry後找的space group上有幾個會有不同。
舉例:
AIRSS ► MS
C2/m ► R-3M
P63/mmc ► P1
P1 or P-1 ► C2/m
R-3M ► PM-3M
C2/m ► I41/AMD
所以之後再做判斷時,可能要再多加確認,最嚴謹一點的方式是要在MS內做完幾何結構最佳化的計算再來看是最準確的。
由於AIRSS功能也可以做到讓其原子小幅度的震動,使其落到更低的亞穩態。(降低依些奇怪的結構出現),而要做統計分析時要把計算的數量提高,才會比較精確(100甚至1000)。
資料提供
- AIRSS內的關鍵字表(這些都可以從Cambridge上下載的到)
AIRSS_cheat_sheet - AIRSS 0.9版 內提供的Example (我把他抓出來)
AIRSS_Example
Code內容寫的關鍵字註釋
1 | VARVOL ► Determine the variable target volume |
space group
https://en.wikipedia.org/wiki/Space_group
cellsym
http://www.check2xsf.org.uk/cellsym.html
Spglib
http://atztogo.github.io/spglib/
Less than 1% of crystals in most databases are P1
另一款預測結構程式
http://uspex-team.org/en/
Crystal structure prediction = CSP (?)
Potential energy surfaces = PEs (?)
http://doye.chem.ox.ac.uk/jon/structures/LJ/tables.150.html
討論與問題
- 內文有錯字 if ► is (1.6)We start with a 55 atom icosahedral (point group Ih) cluster, centred on the origin. On generating the random structure this cluster if(應該是is) neither shifted (#POSAMP=0) nor rotated (#ANGAMP=0). The “# Ih” label is identical for all the 55 atoms of the cluster. The 56th atom is randomly located in a shell of outer radius 6 (#POSAMP=6) and inner radius 5 (#POSAMP=5). Structures in which any atoms are closer than 1.5 are rejected.
- input file內制定的cluster是否與在command line時 下定的 -cluster 有何不同?
host:1.6 cjp10$ airss.pl -pp3 -cluster -max 10 -seed Al - 另外,在input file內的cluster是否有順序之分?
MINSEP=1.5
CLUSTER
POSAMP=0
ANGAMP=0
是否使用cluster之後 posamp angamp都會受cluster影響? - cluster 使用之後 無週期性邊界條件的問題
- .pp程式說明檔在哪? 另外,特別注意 #Beta是甚麼意思?
- 學習: In the above run the known ground state structure of LJ56 is located after 10 attempts.
- (1.7)中, Q: 為什麼The shape of the unit cell is not optimised during the relaxation. 還需要 #FIX ?
FIX_ALL_CELL : true A: 一個是在隨機搜尋時 固定 一個是在CASTEP計算時 固定 - 1.7 HCP找出兩種結構 命中率 10個 只有一種結構(屬於能量最低) 使用MS做一個slab(小的) 然後做兩組 看淺的洞 還是 深的洞 能量高? (吸附位置) 最低能量的數量(命中率)問題 ► 波茲曼分布 ► 活化能 ► 導致在結構搜尋時,尋找能
量的谷底數 - SUPERCELL n or a b c or ax ay az bx by bz cx cy cz the full matrix (9 numbers) 時 ax ay az bx by bz cx cy cz 任
給整數 保證一定是超晶包嗎?